1、营养元素：青少年发育期间摄入的锌原素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用，导致男性阴茎短小。

　　2、意外因素：可能是受到内分泌紊乱、烧伤、外伤或先天性发育不好、男性激素水平不足、阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎“回缩”等因素。

　　3、发育状况：阴茎短小的原因可能是由于发不好的影响。年男性体格健壮，其外生殖器，包括阴茎、阴囊的发育也较好，阴茎可能较为粗大，反之则可能小一些。

　　4、遗传因素：医生指出，男性出现阴茎短小可能是受到了遗传因素的影响。阴茎与身体其它器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。

　　5、过度肥胖：男性朋友过于肥胖也是导致阴茎短小的原因。一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳。

　　6、行为习惯影响：房事过度、身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。